长春职业技术学校（原长春市农业机械化学校）于1961年建校，文革时期撤销，1973年经长春市革命委员会（长革发[1973]10号）批准恢复长春市农业机械化学校，隶属长春市农机局。1995年8月，经长春市人民政府（长府函[1995]22号）批准，加挂长春市机械电气工程学校校名，隶属关系、经费和办学宗旨不变。2000年，长春市取消长春市农机局后，学校归属长春市农业局管理；2005年9月，经长春市机构编制委员会（长编[2005]52号）批准，学校归属长春市教育局管理。

2007年4月与长春职业技术学院资源整合，变更为长春职业技术学院中职部。

2007年11月，经长春市机构编制委员会（长编办[2007]50号）批准，成立长春职业技术学校。2011年经长春市机构编制委员会（长编办[2011]48号）批准，加挂长春轨道交通学校牌子；2012年经长春市机构编制委员会（长编[2012]115号）批准，将长春市交通职业技术学校（长春市交通职工中等专业学校）并入长春职业技术学校，并加挂长春市交通职业技术学校、长春市交通职工中等专业学校牌子。